Als Aktiengesellschaft ist die InoTex privatwirtschaftlich organisiert und geführt. Aktionäre sind die Inselspital-Stiftung, die Stadt Bern und die SiRo-Holding AG je zu einem Drittel. Die SiRo-Holding AG besteht aus Hans Sieber, Direktor der InoTex Bern AG und Jean-Pierre Rolli, Bereichsleiter Dienste und stellvertretenden Direktor.